Tijekom Domovinskog rata brojni igrači Graničara sudjeluju na bojišnici, a klub djeluje uglavnom unutar Treće hrvatske nogometne lige istok. Zabilježeni su i susreti tijekom ratnih godina, a posebice je zanimljivo bilo gostovanje NK-a „Graničar“ u Senju krajem 1992. godine u vremenu kad su tamo, zbog opće opasnosti, bile izmještene Gimnazija i Tehnička škola Županja.

Poratne godine donose pojačanu djelatnost kluba i veliki angažman oko mlađih skupina, što je zaista pomoglo da klub ponovo stasa u rasadište sportskog potencijala grada, a mladima pruži mogućnost uključivanja u zdravu i kvalitetnu aktivnost. Radi se i na izgradnji novih tribina.

U ovom periodu osniva se službena organizirana navijačka skupina „Olimpijci“, koji otad podržavaju klub i hrvatski nogomet na svim susretima.