Nakon svojevrsne krize, koja je za posljedicu imala slabije rezultate, početkom 2000-ih godina NK „Graničar“ doživljava uspon, pa se od sezone 2005./2006. natječe u  Drugoj hrvatskoj nogometnoj ligi sjever (Batarilović, 2005: 92–96). No kasnije se opet ustalio uglavnom u Trećoj nogometnoj ligi.

U međuvremenu izgrađene su nove tribine, uz postojeće betonsko uređuje se i  pomoćno travnato igralište, a stadion je ponio naziv „Stadion prve nogometne lopte u Hrvatskoj“. Unutar kluba djeluje škola nogometa s nekoliko skupina igrača prema uzrastu, koji postižu važne uspjehe u svojim kategorijama.

NK „Graničar“ i u ovom je periodu često organizator i domaćin različitih humanitarnih akcija, a posebno je bila uspješna ona iz 2008. godine kada su, na veliko oduševljenje svih Županjaca i gostiju, zaigrali s legendama hrvatskog nogometa okupljenima u ekipi „Vatreni ’98“

Godine 2010. proslavljeno je 90 godina od osnutka kluba.